Die Präfektur Iraklion erstreckt sich zwischen den beiden Gebirgen Oros Idi und Oros Dikti.

Zwischen Iraklion und Malia liegt entlang der Nordküste die größte Ferienregion Kretas.
Ortschaften wie Gouves, Hersonissou, Stalida (Stalis) und Malia sind bekannte Urlaubsziele.
Von Iraklion Richtung Süden befindet sich um den Berg Jouchtas das größte Weinanbau-
gebiet der Insel, und noch weiter im Süden die Messara Ebene, Kreta's Kornkammer.
Westlich von Iraklion, an der Nordküste liegen Ag. Pelagia und Bali, wobei Bali schon zur
Präfektur Rethimno gehört.